今のルールや設定内容を引き継いで、ApeosWare Flow Serviceをアップグレードすることはできますか。

回答

【対象環境】ApeosWare Flow Service　

可能です。
ただし、ルールファイル内にアップグレードされたバージョンに利用できないプラグインが含まれていた場合は、ルールの初期状態を無効にして登録されます。
必要に応じて、プラグインの編集/削除を行なってください。