ApeosWare Management Suite 2と併用できますか？

併用できます。
たとえば、近くのプリンタを連携するにはサーバーレスオンデマンドプリントを使用し、本社と支社などの拠点が離れた場所ではApeosWare Management Suite 2を使用する、という使い分けも可能です。