データセキュリティキットを付けた複合機と付けない複合機を混在して利用できますか？

混在して利用できます。
複合機のハードディスクデータの暗号化の設定とは関係なく、プリントデータの通信はTCP/IPの設定に従って通信されます。通信経路での情報漏えいに対応するには、別途IPSecの設定が必要です。