WinReader PROをインストールしても、DocuWorksの内蔵OCRエンジンを使用してOCR処理されてしまいます。

回答

【対象環境】Document Reader 1.0 

Document Readerでは、WinReader PRO v.10.0のみ対応しています。
インストールされているOCRエンジンがWinReader PRO v.10.0以外の場合には、DocuWorks内蔵OCRエンジンを使用します。WinReader PROのバージョンをお確かめください。